6月17日,華東師范大學(xué)生態(tài)與環(huán)境科學(xué)學(xué)院研究員張思宇團(tuán)隊(duì),聯(lián)合中國(guó)科學(xué)院城市環(huán)境研究所研究員朱冬、美國(guó)佐治亞理工學(xué)院教授Konstantinos T. Konstantinidis、中國(guó)科學(xué)院院士朱永官等,證實(shí)了農(nóng)業(yè)土壤微生物組中的抗生素抗性基因(ARGs)和重(類)金屬抗性基因(MRGs)共存于同一遺傳原件,且具備更強(qiáng)的可遷移性和致病性潛力,為探究生態(tài)系統(tǒng)中抗生素和重(類)金屬共抗性微生物提供了新的研究思路。相關(guān)研究在線發(fā)表于《自然—通訊》。
微生物攜帶的ARGs是一種新型環(huán)境污染物,其在環(huán)境中的遷移和傳播,可能引發(fā)耐藥病原菌的產(chǎn)生,已成為全球最為嚴(yán)重的公眾衛(wèi)生問題之一。長(zhǎng)期施用有機(jī)肥,不僅會(huì)增加土壤中ARGs的豐度和多樣性,也會(huì)增加MRGs的豐度和多樣性。前期研究表明,農(nóng)業(yè)土壤中可能存在同時(shí)攜帶ARGs和MRGs的微生物。
研究團(tuán)隊(duì)對(duì)全球尺度的農(nóng)業(yè)土壤宏基因組進(jìn)行分析,提出針對(duì)ARG-MRG共存contig分析的方法,發(fā)現(xiàn)了有機(jī)肥施用增加了ARG-MRG的共存類型,而攜帶ARG-MRG共抗性基因的土壤微生物組,通常也攜帶更高占比的可移動(dòng)遺傳原件基因(MGEs)和決定微生物致病性的毒力基因(VFGs)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),共存于同一遺傳原件的ARGs和MRGs,在重(類)金屬脅迫壓力下表現(xiàn)出更高的轉(zhuǎn)錄組活性。
農(nóng)業(yè)土壤微生物組中ARG-MRG共存的豐度和類型。圖片來源于《自然—通訊》
在此基礎(chǔ)上,研究人員應(yīng)用機(jī)器學(xué)習(xí)模型,預(yù)測(cè)了全球尺度上農(nóng)業(yè)土壤中ARG-MRG共抗性微生物的豐度,發(fā)現(xiàn)在北美洲中部、歐洲東部、亞洲西部和中國(guó)東北部地區(qū)的土壤中存在較高的污染風(fēng)險(xiǎn)。
相關(guān)論文信息:https://doi.org/10.1038/s41467-024-49165-5
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