竹類植物是竹亞科植物的總稱，與水稻、小麥、大麥和燕麥同屬于禾本科BOP分支，具有重要的經(jīng)濟(jì)、生態(tài)和文化價(jià)值。為更好地服務(wù)竹類植物的系統(tǒng)進(jìn)化和功能研究，有效整理歸納盤活海量的竹類組學(xué)和分類學(xué)信息數(shù)據(jù)已經(jīng)成為研究人員和相關(guān)產(chǎn)業(yè)的迫切需求。
記者3月18日從中國科學(xué)院昆明植物研究所獲悉，該所研究員李德銖團(tuán)隊(duì)基于長期研究成果，搭建并公布了一個(gè)竹類組學(xué)和分類學(xué)信息平臺（BambooBase）。近日，國際期刊《分子植物》在線發(fā)表了該團(tuán)隊(duì)題為“BambooBase：竹子組學(xué)和系統(tǒng)學(xué)綜合數(shù)據(jù)庫”的論文，公布了竹類組學(xué)和分類學(xué)信息平臺。這一研究平臺地址為https://bamboo.genobank.org/ ，收錄了竹類植物18個(gè)不同版本的基因組、476個(gè)轉(zhuǎn)錄組和16個(gè)表觀基因組的數(shù)據(jù)，以及135個(gè)屬的分類學(xué)信息。研究團(tuán)隊(duì)基于序列相似性和基因共線性信息，構(gòu)建了竹亞科物種基因組及亞基因組間的同源基因數(shù)據(jù)集。
BambooBase主頁（受訪者供圖）
2013年以來，毛竹和蕓香竹的基因組草圖，以及麻竹的參考基因組相繼完成。不久前，中國科學(xué)院昆明植物研究所李德銖研究團(tuán)隊(duì)又在《自然·遺傳學(xué)》的論文發(fā)布了11個(gè)代表各主要分支和倍性的竹類植物參考基因組。至此，發(fā)布的竹類植物基因組已有18個(gè)，其中6個(gè)為草圖，12個(gè)為染色體水平的高質(zhì)量參考基因組。高質(zhì)量參考基因組其中，有2個(gè)草本竹類和10個(gè)木本竹類。
BambooBase平臺主要模塊和功能（受訪者供圖）
該平臺提供了豐富的生物信息學(xué)工具，方便用戶對不同竹類植物基因以及基因同源關(guān)系進(jìn)行查詢、分析和可視化。用戶可以在“幫助”欄目查閱平臺使用手冊。“竹類組學(xué)和分類學(xué)信息平臺用戶界面友好，是一個(gè)集成竹類多組學(xué)和分類學(xué)資源的信息平臺，可為全球從事竹類相關(guān)研究的人員提供一站式數(shù)據(jù)支持。”李德銖介紹。
竹類植物演化進(jìn)程中，經(jīng)歷過多次異源多倍化事件，各主要分支間具有復(fù)雜的網(wǎng)狀演化關(guān)系，同源基因的鑒定比較困難。該平臺選擇水稻作為外類群，以亞基因組為單位，通過整合序列相似性和基因共線性信息，將13個(gè)基因組27個(gè)亞基因組的基因聚類劃分到16.63萬個(gè)共線直系同源基因簇。與僅使用序列相似性信息聚類方法獲得的基因簇相比，同源基因簇在區(qū)分直系同源基因和旁系同源基因方面表現(xiàn)更優(yōu)。
“此外，同嚴(yán)格要求基因拷貝數(shù)符合染色體倍性的‘完美拷貝’方法相比，共線直系同源基因簇提供了更靈活和更全面的直系同源基因數(shù)據(jù)集。”昆明植物研究所副研究員劉云龍介紹，平臺用戶可以從目標(biāo)基因出發(fā)，查詢其所在同源基因簇的所有基因列表和基因樹。
已發(fā)表的竹類植物基因組信息（受訪者供圖）
竹類組學(xué)和分類學(xué)信息平臺為每個(gè)基因建立一張“卡片”，記錄包括基因注釋、各類組織和不同發(fā)育階段表達(dá)量等基本信息，而且可以從該卡片鏈接到基因組可視化和同源基因等模塊以及相關(guān)外部數(shù)據(jù)庫。平臺還提供了豐富的查詢、分析和可視化工具，如微觀和宏觀尺度（亞）基因組共線性、序列搜索比對、引物設(shè)計(jì)、同一竹種不同拼接組裝版本的基因ID轉(zhuǎn)換、功能基因富集和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析等。
除了多組學(xué)數(shù)據(jù)外，竹類系統(tǒng)發(fā)育工作組版面集中介紹了全球竹亞科已知全部3個(gè)族135屬的主要分類學(xué)信息，包括每個(gè)屬發(fā)表時(shí)的原始文獻(xiàn)、異名、模式種、形態(tài)學(xué)描述和地理分布等。同時(shí)，還提供了一些主要屬的相關(guān)研究文獻(xiàn)、標(biāo)本及活體照片和所含物種等信息。
竹類植物是竹亞科植物的總稱，與水稻、小麥、大麥和燕麥同屬于禾本科BOP分支，具有重要的經(jīng)濟(jì)、生態(tài)和文化價(jià)值。為更好地服務(wù)竹類植物的系統(tǒng)進(jìn)化和功能研究，有效整理歸納盤活海量的竹類組學(xué)和分類學(xué)信息數(shù)據(jù)已經(jīng)成為研究人員和相關(guān)產(chǎn)業(yè)的迫切需求。
記者3月18日從中國科學(xué)院昆明植物研究所獲悉，該所研究員李德銖團(tuán)隊(duì)基于長期研究成果，搭建并公布了一個(gè)竹類組學(xué)和分類學(xué)信息平臺（BambooBase）。近日，國際期刊《分子植物》在線發(fā)表了該團(tuán)隊(duì)題為“BambooBase：竹子組學(xué)和系統(tǒng)學(xué)綜合數(shù)據(jù)庫”的論文，公布了竹類組學(xué)和分類學(xué)信息平臺。這一研究平臺地址為https://bamboo.genobank.org/ ，收錄了竹類植物18個(gè)不同版本的基因組、476個(gè)轉(zhuǎn)錄組和16個(gè)表觀基因組的數(shù)據(jù)，以及135個(gè)屬的分類學(xué)信息。研究團(tuán)隊(duì)基于序列相似性和基因共線性信息，構(gòu)建了竹亞科物種基因組及亞基因組間的同源基因數(shù)據(jù)集。
BambooBase主頁（受訪者供圖）
2013年以來，毛竹和蕓香竹的基因組草圖，以及麻竹的參考基因組相繼完成。不久前，中國科學(xué)院昆明植物研究所李德銖研究團(tuán)隊(duì)又在《自然·遺傳學(xué)》的論文發(fā)布了11個(gè)代表各主要分支和倍性的竹類植物參考基因組。至此，發(fā)布的竹類植物基因組已有18個(gè)，其中6個(gè)為草圖，12個(gè)為染色體水平的高質(zhì)量參考基因組。高質(zhì)量參考基因組其中，有2個(gè)草本竹類和10個(gè)木本竹類。
BambooBase平臺主要模塊和功能（受訪者供圖）
該平臺提供了豐富的生物信息學(xué)工具，方便用戶對不同竹類植物基因以及基因同源關(guān)系進(jìn)行查詢、分析和可視化。用戶可以在“幫助”欄目查閱平臺使用手冊。“竹類組學(xué)和分類學(xué)信息平臺用戶界面友好，是一個(gè)集成竹類多組學(xué)和分類學(xué)資源的信息平臺，可為全球從事竹類相關(guān)研究的人員提供一站式數(shù)據(jù)支持。”李德銖介紹。
竹類植物演化進(jìn)程中，經(jīng)歷過多次異源多倍化事件，各主要分支間具有復(fù)雜的網(wǎng)狀演化關(guān)系，同源基因的鑒定比較困難。該平臺選擇水稻作為外類群，以亞基因組為單位，通過整合序列相似性和基因共線性信息，將13個(gè)基因組27個(gè)亞基因組的基因聚類劃分到16.63萬個(gè)共線直系同源基因簇。與僅使用序列相似性信息聚類方法獲得的基因簇相比，同源基因簇在區(qū)分直系同源基因和旁系同源基因方面表現(xiàn)更優(yōu)。
“此外，同嚴(yán)格要求基因拷貝數(shù)符合染色體倍性的‘完美拷貝’方法相比，共線直系同源基因簇提供了更靈活和更全面的直系同源基因數(shù)據(jù)集。”昆明植物研究所副研究員劉云龍介紹，平臺用戶可以從目標(biāo)基因出發(fā)，查詢其所在同源基因簇的所有基因列表和基因樹。
已發(fā)表的竹類植物基因組信息（受訪者供圖）
竹類組學(xué)和分類學(xué)信息平臺為每個(gè)基因建立一張“卡片”，記錄包括基因注釋、各類組織和不同發(fā)育階段表達(dá)量等基本信息，而且可以從該卡片鏈接到基因組可視化和同源基因等模塊以及相關(guān)外部數(shù)據(jù)庫。平臺還提供了豐富的查詢、分析和可視化工具，如微觀和宏觀尺度（亞）基因組共線性、序列搜索比對、引物設(shè)計(jì)、同一竹種不同拼接組裝版本的基因ID轉(zhuǎn)換、功能基因富集和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析等。
除了多組學(xué)數(shù)據(jù)外，竹類系統(tǒng)發(fā)育工作組版面集中介紹了全球竹亞科已知全部3個(gè)族135屬的主要分類學(xué)信息，包括每個(gè)屬發(fā)表時(shí)的原始文獻(xiàn)、異名、模式種、形態(tài)學(xué)描述和地理分布等。同時(shí)，還提供了一些主要屬的相關(guān)研究文獻(xiàn)、標(biāo)本及活體照片和所含物種等信息。
本文鏈接：http://www.3ypm.com.cn/news-2-2404-0.html洞悉竹類植物有了稱手“利器”
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