近日，華南農(nóng)業(yè)大學(xué)教授張哲、李加琪團(tuán)隊(duì)與國(guó)內(nèi)外多個(gè)團(tuán)隊(duì)合作在豬基因組學(xué)領(lǐng)域取得重要進(jìn)展，他們整理出豬迄今最大規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組大數(shù)據(jù)集，構(gòu)建了多組織遺傳調(diào)控效應(yīng)圖譜。1月4日，相關(guān)成果在線發(fā)表于《自然-遺傳學(xué)》。
“該研究為進(jìn)一步深入解析影響豬經(jīng)濟(jì)性狀表型形成的基因調(diào)控提供了新資源?！惫餐ㄓ嵶髡邚堈鼙硎?，鑒定豬重要經(jīng)濟(jì)性狀的育種靶點(diǎn)，解析其遺傳調(diào)控機(jī)制，研發(fā)配套技術(shù)并創(chuàng)新運(yùn)用到實(shí)際育種中、培育突破性的中國(guó)特色新品種（系）是我們打好種業(yè)翻身仗的戰(zhàn)略需求。
遺傳調(diào)控效應(yīng)圖譜涵蓋的34個(gè)組織及樣本量。受訪者供圖
該研究從公共數(shù)據(jù)庫(kù)中收集了來(lái)自全球100多個(gè)豬品種的所有轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和其它多組學(xué)數(shù)據(jù)，涵蓋了138種組織/細(xì)胞類(lèi)型，獲得了7095個(gè)高質(zhì)量的RNA-Seq樣本的5種轉(zhuǎn)錄本（蛋白編碼基因、可變剪接、lncRNA、外顯子和增強(qiáng)子）的2292954個(gè)分子表型?；诖?，研究人員深入解析了豬多組織基因表達(dá)模式，鑒定出34個(gè)代表性組織的特異表達(dá)基因。
該研究通過(guò)開(kāi)展大規(guī)模分子QTL定位，發(fā)布了迄今最大規(guī)模的豬多組織遺傳調(diào)控效應(yīng)圖譜——PigGTEx Atlas，并通過(guò)整合多組學(xué)信息，深入探討了遺傳調(diào)控變異的特性和分子機(jī)制。研究人員利用34個(gè)組織的5457個(gè)非冗余樣本中高質(zhì)量的分子表型，以及3087268個(gè)高質(zhì)量的SNPs基因型數(shù)據(jù)，進(jìn)行了順式分子數(shù)量性狀基因座定位。通過(guò)這一分析，獲得了約1.1億個(gè)顯著關(guān)聯(lián)，涉及254819個(gè)分子表型-組織組合。
該研究還利用多種統(tǒng)計(jì)分析方法將PigGTEx圖譜與268個(gè)豬復(fù)雜性狀GWAS關(guān)聯(lián)統(tǒng)計(jì)量結(jié)果進(jìn)行整合挖掘，揭示了多組織分子QTL對(duì)豬復(fù)雜性狀遺傳機(jī)制解析具有重要作用；通過(guò)共定位、孟德?tīng)栯S機(jī)化和全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析等方法解析了其中80% GWAS信號(hào)與多組織分子表型的潛在遺傳關(guān)聯(lián)，為豬復(fù)雜性狀遺傳機(jī)制的精準(zhǔn)解析提供了分析流程范例。
人豬復(fù)雜性狀的共享遺傳調(diào)控效應(yīng)。受訪者供圖
為深入發(fā)掘豬作為生物醫(yī)學(xué)模型的潛力，研究人員通過(guò)遺傳調(diào)控水平的物種間比較分析，揭示了豬和人類(lèi)基因組當(dāng)中共享的遺傳調(diào)控效應(yīng)。通過(guò)對(duì)36448個(gè)人類(lèi)-豬性狀對(duì)在11個(gè)組織的全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果比較分析，發(fā)現(xiàn)了89個(gè)顯著相關(guān)的人類(lèi)-豬性狀組合，表明了豬和人類(lèi)在復(fù)雜性狀中具有相似的遺傳調(diào)控效應(yīng)。
上述研究是全球豬基因組學(xué)研究領(lǐng)域時(shí)隔8年再次登上《自然-遺傳學(xué)》的研究成果，由華南農(nóng)業(yè)大學(xué)與丹麥奧胡斯大學(xué)、英國(guó)愛(ài)丁堡大學(xué)、美國(guó)農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)研究局和中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所等全球10個(gè)國(guó)家的50余個(gè)研究團(tuán)隊(duì)合作完成。
相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1038/s41588-023-01585-7
本文鏈接：http://www.3ypm.com.cn/news-8-997-0.html迄今最大規(guī)模豬多組織遺傳調(diào)控效應(yīng)圖譜構(gòu)建
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